Bakgrund

Information om biobanksprov i SBR ska alltid spegla informationen i LIS. Det ställer krav på tillståndshantering i LIS, så att alla ändringar synkroniseras till SBR. Men förutom hantering av provets livscykel måste livscykel för system hanteras. Lösningar måste finnas för hur man hanterar byte av system med och utan migrering av data till det nya systemet. Regioner har i vissa fall hanterat ett byte genom att behålla det gamla systemet i läsläge. Man måste man dock kunna hantera ändring av samtycke, destruering och gallring av prov, och dessa uppdateringar måste kunna synkas till SBR om data ska tillåtas finnas kvar i systemet.

Mål

Målet är att skapa en dokumentation som kan användas som ett stöd för både projektet och regionerna för att förstå vilka lösningar som är tillämpliga i en given situation.

Förutsättningar

I det fall olika lösningar är möjliga i en given situation står det varje region fritt att välja lösning utifrån vad man kan och vill, och även utifrån de förutsättningar som LIS:et ger.

Begreppet “historisk data“ används här för data som finns i SBR, som överförts vid tidigare anslutning och varit tillgängligt för sökning i forskningssyfte men inte hållits i synk med ändringar i källsystemet (LIS). Utifrån kravet på att data i SBR ska vara samma som i LIS kommer förvaltningen framöver inte tillåta data i SBR som inte kan uppdateras via en integration från källsystemet.

Begreppet ”befintligt data” syftar på data i ett LIS som är skapat före anslutningstidpunkten, och som, om det ska överföras till SBR, kräver en lösning för överföring vid anslutning.

För varje provsamling har SBR info om startdatum och provtyp. Prov som skapats före detta datum eller med annan typ får inte överföras till provsamlingen.

SBR har inte kännedom om enskilda LIS. (kanske lämpligare att klämma in denna info längre ner.)

Ny anslutning av ett LIS

I de flesta fall kommer ett LIS som ansluts till SBR innehålla befintligt data. Med en integrationslösning som löpande överför förändringar till SBR måste separat funktionalitet användas vid anslutningstillfället för att överföra befintligt data utan att denna har förändrats. Samma funktionalitet behövs för att kunna återställa information i SBR om systemen skulle hamna ur synk.

I normalfallet bör målet vara all befintlig data om biobanksprov överförs till SBR, för att maximera systemets nytta. Det kan också finnas behov av inte ta med hela historiken, och istället överföra data från en viss tidpunkt bakåt i tiden. Tidpunkten avser det datum då provet registrerades i LIS:et. En anledning kan vara att äldre data inte är kompatibel med de krav som integrationen ställer. Slutligen finns också alternativet att bara överföra data från anslutningstidpunkten. Anslutning skulle då kunna göras utan nyttjande av lösning för överföring av befintligt data vid anslutningstillfället.

SBR håller information om startdatum för varje provsamling. LIS:et får inte skicka prover med tidigare registreringsdatum, även om ett sådant prov skulle uppdateras.

Hantering av historiskt data i SBR

Redan innan etableringen av LIS-integrationer innehåller SBR data från ett antal LIS, som har överförts via tidigare integrationslösning, när föregångaren till dagens SBR förvaltades av Inera. Datat har sedan migrerats till dagens system. Detta data har inte uppdaterats sedan migreringen och är därmed med all säkerhet inte i synk med datat i källsystemet.

Vid anslutning av ett LIS behöver man ta hänsyn till om det finns data i SBR som tillhör provsamlingar som nu ska överföras från LIS:et. Om så är fallet så är grundrekommendationen att det historiska datat i SBR bör raderas i samband med anslutningstillfället och ersättas med data från LIS:et. Detta förutsätter att man vid anslutningen överför befintligt data enligt ovan.

I något fall har en regions data redigerats i SBR, för att skapa följsamhet mot aktuella semantiska och tekniska krav. Man måste ha kännedom om detta gäller i det aktuella fallet. Att det finns data i SBR som är ok enligt gällande krav betyder i dessa fall inte att motsvarande data i källsystemet är ok.

I det fall regionen önskar ansluta LIS utan överföring av befintligt data är rekommendationen att data tillhörande berörd provsamling i SBR raderas i samband med anslutningstillfället. Detta med anledning av att provsamlingen annars inte kommer ha konsistent innehåll; endast en del av provsamlingen kommer att vara i synk med källsystemet, vilket innebär att den inte kan användas för sökningar i vårdsyfte.

Återställning

Det behöver finnas möjlighet att återställa datat i SBR i det fall att denna skulle hamna ur synk till följd av tekniska problem. Hantering av misslyckade transaktioner, som kan upptäckas och hanteras av programkod, beskrivs i Interoperabilitetsspecifikation - Svenska biobanksregistret . Men det kan teoretiskt uppstå fel i LIS eller SBR som gör att data behöver skickas på nytt.

Vid återställning måste det vara möjligt att välja valfri startpunkt efter starttidpunkten för den ursprungliga anslutningen. Endast aktuellt state ska skickas, ej full transaktionshistorik. Det finns inget krav på hur återställning hanteras i LIS:et, men överföringen till SBR måste göras via ordinarie API.

Byte av system

Byte av system avser fallet där ett system byts ut och datat migreras till det nya systemet. Ett sådant byte kan teoretiskt genomföras helt transparent för SBR. Befintligt data behöver inte skickas på nytt efter migreringen, men det är också möjligt att skicka data på nytt om man ser skäl till detta. SBR är förlåtande och ersätter alltid informationen om ett provtagningstillfälle (identifierat a samplingId + person-id) med det senaste som mottagits. Om identiferare för provtagningstillfälle påverkas av migreringen behöver däremot data i SBR rensas för att därefter populeras på nytt via det nya systemet.

Om data ej migreras får systembytet hanteras som en avveckling av ett system och en anslutning av ett annat system.

Avveckling

Avveckling avser fallet där ett system tas ur bruk utan att dess data migreras till ett nytt system. Ibland behålles systemet i drift utan att några uppdateringar kan / får göras - ofta benämnt en “läskopia“. En läskopia skulle rent tekniskt kunna behålla sin anslutning till SBR så att eventuella uppdateringar, t.ex. pga samtyckesändringar, synkas till SBR. Det är dock förekommande att inga uppdateringar görs alls och samtyckesändringar hanteras utanför systemet. Bibehållen anslutning blir i dessa fall verkningslös.

SBR accepterar inte lösningar som innebär att data i systemet inte hålls i synk. Om system avvecklas på ett sådant sätt att ändringar i datat därefter inte kan synkas ska datat raderas från SBR.

Provsamlingar utan IT-system

Med provsamlingar utan IT-system avses provsamlingar som finns i Excelfiler o dyl. Dessa kan betraktas som “digitaliserade“ och det kan finnas möjlighet att via speciallösningar läsa in datat i SBR. Men det finns ingen möjlighet att hålla datat i SBR i synk vid t.ex. ändringar av samtycke, och det är därmed inte aktuellt att skapa denna typ av lösningar.