Bakgrund
SBR (Svenska Biobanksregistret) har två integrationer. En för att ta emot prov och tillhörande information i syfte att exponera denna för forskare (dels för feasibility, dels för att monitorera insamlingstakt i forskares egna studier) och verksamheten för kvalitetsutveckling, uppföljning och utbildning. API- och anslutningsbeskrivning för integration mot SBR
Den andra integrationen (som beskrivs här) används för att hitta prover för specifik person, antingen inom ramen för samtyckesförändringar eller för att hitta tidigare tagna prov som kan vara relevanta för personens eller anhörigs vård och behandling. Sökning på prov på individnivå kan också vara aktuellt för forskning exempelvis vid kliniska läkemedelsprövningar.
Den senare ställer mycket högre krav på datakvalitet och täckningsgrad, samtidigt som fokus är på förekomst av prov och inte nödvändigtvis på detaljer kring provet som är relevanta för att hitta prov för forskning. Detta gör att vi tagit fram två olika, kompletterande, sätt att integrera mot SBR.
Syfte
Integrationen har två syften:
Hitta prov för vilka provgivare vill förändra samtycke
När en provgivare vill förändra samtycke för ett prov utgår detta från var provet är taget (vilken huvudman). Provet kan dock skickas till andra huvudmän (antingen delar av provet eller provet i sin helhet). För att säkerställa att allt material hittas behöver därför samtliga enheter där provet kan förvaras kontaktas för att säkerställa att förfrågan hanteras korrekt. Idag finns ingen komplett tillgänglig strukturerad dokumentation kring vart prov skickas som kan utnyttjas för detta.
Det viktigaste är att kunna filtrera bort den majoritet av enheter som via denna integration kan garantera att de INTE har något prov givet de aktuella kriterierna för att på så sätt inte överbelasta enheterna med irrelevanta förfrågningar.Hitta prov för en persons vård och behandling
Som en del av en persons vård och behandling kan man ibland ha stor nytta av provmaterial taget tidigare. Dessa prov kan vara tagna var som helst i landet (och sedan distribuerats på samma sätt som i punkt 1).
Detta gör att vi behöver fråga varje enskild enhet huruvida de har prov från den aktuella personen för att på så sätt kunna presentera för behandlande läkare var det finns prov, var det kanske finns prov och var det inte finns prov, så att denne kan fortsätta processen genom kontakt med relevanta enheter.
Generella principer
Integrationen är byggd med REST och skyddas av certifikat. Frågor ställs på på personnivå från SBR till respektive LIS-system.
Om inte SBR får ett korrekt svar tillbaka kommer detta tydligt att visas i gränssnittet. Endast vid korrekta svar (oavsett innehåll) kommer svaret att visas upp för användaren.
Implementation
Integrationen implementeras på så sätt att SBR ställer en fråga till alla anslutna laboratorieinformationssystem som då har möjlighet att svara ja/nej/kanske på huruvida prov finns.
Vi ger också möjlighet att skicka med mer information för att ytterligare kunna förbättra för läkare eller den som hanterar samtyckesförändring, men denna information är inte obligatorisk.
Frågan som ställs kommer att innehålla personidentifierare och ett datumintervall för när provet är taget.
Svaret måste innehålla förekomst av prov (ja/nej/kanske) och kan innehålla:
Provtagningsdatum
(för att göra det enklare för behandlande läkare att bedöma om provet är relevant samt för att inte skicka ut begäran om förändring av samtycke på prov som inte berörs av begäran)Huvudman och klinik där provet togs
(för att inte skicka ut begäran om förändring av samtycke på prov som inte berörs av begäran )Provmaterial / provtyp
(för att göra det enklare för behandlande läkare att bedöma om provet är relevant samt för att inte skicka ut begäran om förändring av samtycke på prov som inte berörs av begäran)Anatomisk position
(för att göra det enklare för behandlande läkare att bedöma om provet är relevant)Samtyckesinformation
(för att inte skicka ut begäran om förändring av samtycke på prov som redan har korrekt samtycke registrerat)Nuvarande provförvaringsenhet
(För att skicka eventuell NEJ-talong rätt samt för att kontakta rätt enhet om provet behövs för vård och behandling)
Meddelandestruktur
Fråga
Provgivare | ||
person.personIdType | Format på identifierare för provgivaren. Någon av:
| |
person.personId | ||
Prov | ||
sample.sampledate.from | ||
sample.sampledate.to |
Svar
Obligatoriskt | |||
---|---|---|---|
Finns prov | sampleAvailable | Ja | Någon av |
Totalt antal prover | samplesAvailable | Nej | Totalt antal prov som hittats. Används för att avgöra om listade prover är samtliga prover eller om det kan finnas andra |
Prover | samples | Nej | Lista av prover enligt nedan som hittats |
Prov
Obligatoriskt | Syfte | ||
---|---|---|---|
sampleDate | Nej | Provtagningsdatum i formatet ISO-8601 (se nedan) | Sökning för vård: avgöra vilket prov som är mest lämpligt vid flera träffar |
material_type | Nej | Provmaterial, t.ex. Vävnad, Helblod, Plasma eller Urin Sträng av minst ett, max 50 tecken från ASCII 33-126 | Sökning för vård: avgöra om provet är relevant |
anatomical_position | Nej | Lista av anatomisk position uttryckt i text där varje element är en sträng av minst ett, max 100 tecken från ASCII 33-126 | Sökning för vård: avgöra om provet är relevant |
sampleOrigin.principal | Nej | Huvudman som stod för provtagningen Sträng av minst ett, max 100 tecken från ASCII 33-126 | Samtyckeshantering: |
sampleOrigin.careFacility | Nej | Vårdenhet/klinik där provet togs Sträng av minst ett, max 100 tecken från ASCII 33-126 | |
consent.opposeTo | Nej | Lista av de samtycken provgivaren aktivt motsatt sig. Noll eller flera av:
| Samtyckeshantering: |
departmentName | Nej | Nuvarande provförvaringsenhet Sträng av minst ett, max 100 tecken från ASCII 33-126 | Sökning för vård: |
sampleCollection | Nej | Nuvarande provsamling Sträng av minst ett, max 100 tecken från ASCII 33-126 |
Datumformat
För samtliga datum används RSV-3339 utan tidszon, t.ex. 1998-06-22.
Personidentifierare
För att identifiera en provgivare används antingen personnummer (RSV704), samordningsnummer (RSV707) eller annat (OTHER)
Personnummer
Formatet ska vara ÅÅÅÅMMDD-NNNN, det vill säga enligt det officiella formatet men med den skillnaden att “-” alltid används (även om personen är äldre än 100 år) och att årtusende och århundrade alltid anges.
Se https://skatteverket.se/privat/folkbokforing/personnummer
Exempel: 19121212-1212
Samordningsnummer
Formatet ska vara ÅÅÅÅMMXX-NNNN, det vill säga enligt det officiella formatet men med den skillnaden att “-” alltid används (även om personen är äldre än 100 år) och att årtusende och århundrade alltid anges. XX är siffran för födelsedag ökad med talet 60.
Se https://skatteverket.se/offentligaaktorer/informationsutbyte/folkbokforingsamordningsnummer
Exempel: 19121272-1219
Annat
Formatet för annat är sträng av minst ett, max 50 tecken från ASCII 33-126. Vid sökning med annat ska alla exakta matchningar, oavsett typ, returneras.
Säkerhet
Uppgifter